1 、電子申報
第1步：貨物的收貨人或其代理人根據《中華人民共和國海關進出口貨物報關單填制規范》和海關監管、征稅、統計等要求錄入電子報關數據并通過網絡傳輸方式向海關傳輸電子數據，進行電子申報。
2 、集中審單
第2步：海關計算機系統根據預先設定的各項參數對電子報關數據的規范性、有效性和合法性進行電子審核，審核結果將通過現場大屏幕顯示器或計算機網絡等通訊手段通知申報人。審核結果有以下三種情況：
（1）符合計算機自動審核條件的，計算機自動完成審征環節的全部作業，向現場海關下達作業指令，同時向申報人發出“到現場海關辦理貨物驗放手續”的回執或通知。
（2）需人工審核的報關單數據，計算機將按設定的派單條件，將報關單數據派入通關管理處審單中心相應的人工審單崗位，同時向申報人員發出“等待處理”的回執或通知。
（3）對因申報不規范而不能通過計算機綜合審核的報關單數據，計算機自動退單，向申報人發出回執或通知，并在回執或通知中注明退單原因。
第3步：通關管理處審單中心對需人工審單的報關單數據進行人工審核，并將審核結果通知申報人。審核結果有以下三種情況：
（1）審核通過：如報關單數據經審核符合海關審征作業要求，即預審核通過，通關管理處審單中心向業務現場海關發送有關指令和數據，同時向申報人發出“到現場海關辦理貨物驗放手續”的回執或通知。
（2）人工退單：對明顯不符合海關統計、征稅、監管等有關業務要求且又不構成偽報瞞報的報關單電子數據，予以退單處理，并向申報人發出注明退單原因的通知或回執。申報人應根據有關退單原因，作出修改后，重新申報。
（3）掛起：在審核過程中，審單關員認為有必要與申報人或有關部門聯系，以了解或確定報關單數據有關內容的，可采用報關單掛起的措施，并向申報人發出“與海關聯系”或“待海關通知”的通知或回執。申報人在收到“與海關聯系”的通知或回執時應根據通知或回執中的聯系電話，及時與通關管理處審單中心取得聯系，說明有關情況或按通關管理處審單中心要求提供有關資料；在收到“待海關通知”的通知或回執時，則靜待進一步的審核通知。
3 、現場通關——接單
第4步：口岸海關和浦江海關航交所通關現場以及區域海關為進口接單現場，申報人到現場海關接單窗口或派單窗口（一些業務量較大的現場）遞交書面單證，辦理單證審核手續。申報人通常應遞交以下單證：

（1）報關員證；（2）代理報關委托書；（3）預錄入報關單（指預錄入公司錄入、打印，并聯網將錄入數據傳送到海關，由申報單位向海關申報的報關單）；（4）發票、裝箱單、合同、提單／運單等隨附單據，對于實施“提前報關、實貨放行”通關模式的空運貨物無法提供正本提單或運單的，可隨附提單或運單的復印件；（5）加工貿易需提供加工貿易手冊；（6）海關依據對外貿易管理制度規定，對進口實施實際監管的各種許可證件。主要有：進口許可證、重要工業品進口登記證明、機電產品進口證明、機電產品進口登記表、進口廢物批準證書、檢驗檢疫入境貨物通知單、瀕危物種進口允許證、精神藥物進口準許證、音像制品進口管理許可證明等；（7）其它有特殊監管條件的有關單證以及海關要求出示的單證。
第5步：海關驗核申報人的報關資格，驗核通過的，現場接單關員進行接單。有派單窗口的現場派單人員則核對書面單證是否齊全并分派接單窗口。
第6步：現場接單關員驗核書面單證。
審核書面單證的各項內容是否單單（報關單與隨附單證）、單機（報關單與電子數據）相符。對申報價格、商品歸類等項目進行復核。按作業要求對有關單證進行批注。如發現單證不齊全、不合法，應及時查明原因，并按有關規定處理。
4 、現場通關——查驗
第7步：申報人持《查驗通知單》、報關單備用聯、提單場站收據、海運提單、發票、裝箱單（復印件），到現場海關查驗受理部門辦理查驗計劃（一般當天安排第二天的查驗計劃），申報人員應作好查驗準備。
第8步：海關對需要查驗的貨物實施現場查驗。進口貨物的收貨人、出口貨物的發貨人或其代理人應派員到場協助查驗，協助查驗人員應出示有效證件并負責搬移貨物，開拆和重封貨物的包裝，當海關對相關單證或貨物有疑問時應負責解答。注意：法律規定，當海關認為必要時，可以徑行開驗、復驗或者提取貨樣。
第9步：查驗結束后，申報人應在《查驗記錄單》上簽名、確認。簽名應真實有效；對海關查驗過程與結果是否認同應如實填寫。
5 、現場通關——稅費征收
第10步：辦理稅費征收手續：
對應稅貨物征收稅款（關稅、增值稅、消費稅），對列為反傾銷貨物的征收反傾銷稅，并打印稅款繳款書；對逾期納稅貨物征收滯納金，打印滯納金繳款書。
對減免稅貨物、保稅貨物按規定征收監管手續費，對超出規定期限向海關辦理報關手續的進口貨物征收滯報金，打印海關行政事業性專用票據，到指定銀行繳款；對暫時進出口貨物或根據有關規定需征收保證金的，打印保證金收據；對交納的稅費進行核銷。
6 、現場通關——單證放行
第11步：接單現場單證復核關員對電子報關數據、書面單證及批注情況進行復核，對于情況正常，未設定查驗的，辦理單證放行手續，并在提貨單或運單上加蓋“單證專用章”及“工號章”，報關單備用聯和提貨單退還貨主或其代理人；對已設定查驗的，直接在提貨單或運單上加蓋“單證專用章”和“工號章”，報關單備用聯和提貨單退還貨主或其代理人。接單現場對查驗的單證不再制作關封。
7 、口岸海關——實貨放行
第12步：在獲得運輸工具到港信息后，貨主或其代理人持提貨單或運單及報關單備用聯交口岸風險管理／放行部門，根據計算機的提示進行放行處理。如計算機提示“貨物未到港”，則不予辦理放行手續；如計算機提示“與實卸情況不符或未找到實卸記錄”，海關根據實際情況辦理放行手續。對無需查驗的，海關在處理完計算機操作后即在正本提貨單或運單上加蓋“放行章”，計算機自動將有關實貨放行電子信息傳送至港區或機場貨代，貨主即可辦理放行手續。對需查驗的貨物，放行關員在提貨單或運單上加蓋“查驗章”退還貨主，由貨主帶至查驗點接受海關對貨物的查驗。
8 、簽發進口貨物報關單
第13 步：申報人到業務現場辦理報關單證明聯的簽證手續：進口貨物放行后，海關向申報人簽發進口付匯證明聯和加工貿易海關核銷聯。